El 6 de agosto de 1945 en el noviciado de Nagatsuka, a seis kilómetros del centro de Hiroshima, Arrupe presenció, «como un fogonazo de magnesio disparado ante nuestros ojos» y luego oyeron «una explosión formidable, parecida al mugido de un terrible huracán, que se llevó por delante puertas, ventanas, cristales, paredes endebles...» Durante varios segundos cayeron sobre sus cabezas tejas, ladrillos y cristales.

En vano buscaron el hoyo de la bomba en el patio de su casa y en los campos de arroz vecinos, pero sobre Hiroshima se levantaba una nube en la que se distinguían llamas formidables. La ciudad estaba arrasada. Arrupe estaba ileso al igual que sus 35 novicios jesuitas. Se ha calculado que esta primera bomba de los Estados Unidos mató unas 140,000 personas e hirió otras 130,000.

Mientras seguían buscando la manera de entrar en la ciudad a socorrer a las víctimas, los jesuitas rezaron suplicando ayuda a Dios. Arrupe, que había estudiado Medicina en la Facultad de San Carlos de Madrid años atrás, volvió corriendo a la casa para buscar algo con que curar a los heridos.