Asustados por las violentas jornadas de junio de 1848, año del Manifiesto comunista, los burgueses volterianos que temían perder sus propiedades y privilegios empezaron a ver más bella a la Iglesia y no tan feos a los antiguos cuervos jesuitas.
Después de las elecciones de 1849, los conservadores dominaban el parlamento. Buscando el apoyo católico, Luis Napoleón Bonaparte defendió a Pío IX en Roma. La Ley Falloux volvía abrir las puertas de la educación a la Iglesia católica. El conservador Falloux resumió así su programa: “Dios en la educación. El Papa a la cabeza de la Iglesia. La Iglesia a la cabeza de la civilización”.
Muchas relevantes ciudades francesas tenían un colegio jesuita. Llegaron a ser cincuenta y cinco. Los jesuitas educaron una élite que alcanzó muchas veces un alto rendimiento. Entre 1871 y 1879, 316 graduados de colegios de la Compañía fueron admitidos en la Politécnica y 669 en la exigente Escuela Militar de St. Cyr.
Las vocaciones aumentaban. En 1863 la Compañía contaba con cuatro provincias en Francia. En 1856 apareció la revista Études. Los jesuitas franceses dieron al Apostolado de la Oración una dimensión internacional. Misionaron entre los presos. Hubo jesuitas que apoyaron el Syllabus de Pío IX y unos pocos molestaron a Roma por su apertura a las nuevas tendencias. Durante la Comuna de París, luego de la guerra franco-prusiana del 1870, cinco jesuitas fueron fusilados. La Compañía continuó abriendo colegios y aceptando de los obispos la dirección de seis seminarios mayores. Cuando se fundaron universidades católicas en París, Lyon, Lille, Angers, Toulouse, los jesuitas ocuparon algunas cátedras.
Los decretos de Jules Ferry (1880) obligaron a los jesuitas a abandonar veintinueve colegios. Para 1881, de los 2,780 jesuitas, 920 jóvenes escolares vivían en el exilio y 730 en las misiones. Cercano el 1900 los jóvenes jesuitas se formaban en el extranjero. Ya en 1890 se notaba un florecimiento pastoral, pero en los colegios se padecía la mala fe de las autoridades.
Se requerían menos jesuitas en los colegios. Entonces, siguiendo los lineamientos de León XIII en la Rerum Novarum (1891) los jesuitas se dedicaron a la asesoría de los círculos obreros fundados por Albert de Mun (1871). Luego serían la Acción Católica de la juventud francesa.
En 1900 los jóvenes jesuitas volvieron a formarse en Francia.