Obispo Palafox y jesuitas a los puños
Juan Palafox y Mendoza llegó a México en 1640 como obispo junto al virrey el Duque de Escalona. En 1642 depuso al virrey, pues Palafox estaba convencido de que el Duque quería entregar la Nueva España a Portugal. En los cinco meses que el obispo Palafox ejerció como virrey obtuvo más ganancias para España que muchos virreyes juntos. En España, el Duque fue absuelto.
Palafox se enfrentó a los religiosos de México y particularmente con los jesuitas que apreciaba sinceramente. Los jesuitas se negaban a pagar los diezmos sobre aquellas haciendas que les habían sido donadas.
Disgustado con la predicación de algunos jesuitas, Palafox exigió que el 6 de marzo de 1647, miércoles de ceniza, le presentaran sus licencias de predicar y confesar. El Diccionario Histórico de la Compañía asegura, que de los 24 jesuitas que ejercían en Puebla, la diócesis de Palafox, 16 tenían sus licencias concedidas por el mismo Palafox, 4 por obispos anteriores y otros 4 que eran tan jóvenes que todavía no ejercían el ministerio. Pero los rectores de los colegios jesuitas se sintieron agraviados, se negaron a presentar sus licencias y refirieron todo el asunto a su superior provincial.
Palafox prohibió que los jesuitas predicasen, pero para el 8 de marzo ya había un sermón anunciado, y el Padre Legazpi, S.J., predicó en desobediencia. El sermón fue interrumpido por el vicario del obispo. A los jesuitas se les prohibió predicar bajo pena de excomunión y excomulgado quedaría todo el que se atreviese a escuchar un sermón de los jesuitas.
El provincial jesuita nombró en Ciudad México jueces que dirimieran el conflicto, dos dominicos aceptaron la encomienda. Ahora el conflicto se recrudeció. Contra Palafox intervinieron el arzobispo de México, el virrey, varias órdenes religiosas. Solo 23 doctores de Puebla salieron en defensa de Palafox. Hubo una guerra de edictos entre los jueces y Palafox quienes acabaron excomulgándose mutuamente. Palafox apeló al Papa. Y a los pocos días, huyó para esconderse en San José de Chiapas, cerca del pico Orizaba.
Con la llegada del nuevo virrey los ánimos se serenaron. Los canónigos que habían declarado la seda vacante, o huyeron a acabaron presos. Palafox decretó que todo volviera a ser como antes del miércoles de ceniza. Los jesuitas fueron a la catedral a besarle la mano. El hoy Beato Juan Palafox cabalgaría de nuevo.