Wlodimirio Ledóchowski falleció 1942, en plena Segunda Guerra Mundial. Los jesuitas solo pudieron elegir general en1946. Bastó una votación para escoger al belga de 57 años, Juan Bautista Janssens, como vigésimo séptimo general de la Compañía de Jesús.

Era un hombre sereno. No le faltó audacia y creatividad para contactar a sus súbditos durante la guerra, muchos de ellos refugiados en Francia. Vigilado estrechamente, mantuvo su sentido del humor incluso mientras la Gestapo registraba sus oficinas. Además de sus dos lenguas nacionales: el francés y el flamenco, se manejaba en alemán, inglés e italiano. Hablaba el latín y lo escribía sin problemas. Entendía el español, el portugués y el ruso.

Durante su generalato, la Compañía pasó de 28,839 jesuitas en 1946 a 35, 968 en 1964. Pero en los 1960 disminuyeron notablemente los jesuitas europeos.