Caso de Covid-19 que duró 613 días dispara las alertas sobre mutaciones resistentes a vacunas

Tras detectar la infección crónica por SARS-CoV-2 más prolongada conocida, de 613 días, expertos de la Universidad de Ámsterdam, en Países Bajos, advierten del riesgo de desarrollo de nuevas variantes del SARS-CoV-2 potencialmente inmunoevasivas debido a infecciones persistentes en pacientes inmunodeprimidos.

La investigación se presentará en el Congreso Mundial de la Sociedad Europea de Microbiología Clínica y Enfermedades Infecciosas (ESCMID), ESCMID (antes ECCMID), que se celebrará la semana que viene en Barcelona (España) del 27 al 30 de abril. 

Es obra de la doctoranda Magda Vergouwe, del Centro de Medicina Experimental y Molecular (CEMM) del Centro Médico Universitario de Ámsterdam (UMC Ámsterdam), y sus colegas.

Los autores describen la evolución viral prolongada en un paciente infectado por el SARS-CoV-2 durante 613 días, que dio lugar a una nueva variante altamente mutada. 

Hasta donde saben los autores, se trata de la infección por SARS-CoV-2 de mayor duración hasta la fecha, aunque anteriormente se habían registrado varios casos de cientos de días.

Mientras que los pacientes sanos infectados por SARS-CoV-2 pueden eliminar el virus en un periodo de días a semanas, un individuo inmunodeprimido puede desarrollar una infección persistente con replicación y evolución víricas prolongadas.

Por ejemplo, se cree que la aparición inicial de la variante ómicron se originó en un individuo inmunodeprimido, lo que pone de relieve la importancia de una estrecha vigilancia genómica en esta población de pacientes.

Además, el uso de la presión inmunitaria dirigida, incluidas las terapias con anticuerpos monoclonales y/o antivirales novedosos, puede promover aún más la aparición de variantes virales de escape.

DESCRIPCIÓN DEL CASO

Vergouwe y sus colegas describen en su informe a un paciente varón inmunodeprimido de 72 años de edad que ingresó en el Centro Médico Universitario de Ámsterdam en febrero de 2022 con una infección por SARS-CoV-2. 

Debido a antecedentes de trasplante alogénico de células madre como tratamiento de un síndrome mielodisplásico y mieloproliferativo superpuesto, se le definió como inmunocomprometido.

Esto se complicó con el desarrollo de un linfoma postrasplante para el que recibió rituximab, que agota todas las células B disponibles, incluidas las que normalmente producen los anticuerpos dirigidos contra el SARS-CoV-2. 

Anteriormente, ya había recibido múltiples trasplantes de células madre alogénicas para el tratamiento de un síndrome de superposición mielodisplásico y mieloproliferativo.

Además, ya había recibido múltiples vacunas contra el SARS-CoV-2 sin una respuesta mensurable de anticuerpos IgG contra el SARS-CoV-2 en el momento del ingreso hospitalario. 

La vigilancia genómica rutinaria mostró infección por la variante BA.1.17 del SARS-CoV-2 Ómicron. Recibió tratamiento con el anticuerpo anti-SARS-CoV-2 dirigido sotrovimab, el anticuerpo anti-IL6 sarilumab y dexametasona sin respuesta clínica.

La secuenciación de seguimiento del SARS-CoV-2 mostró el desarrollo de la conocida mutación de resistencia al sotrovimab S:E340K tan pronto como 21 días después de recibir la infusión de sotrovimab.

La actividad de las células T específicas del SARS-CoV-2 y el desarrollo de anticuerpos antiespiga en el primer mes fueron mínimos, lo que indica que el sistema inmunitario del paciente no era capaz de eliminar el virus. 

La infección prolongada dio lugar a la aparición de una nueva variante inmune-evasiva debido a la amplia evolución dentro del huésped. 

Al final, el paciente falleció por una recaída de su estado hematológico tras permanecer positivo al SARS-CoV-2 con cargas virales elevadas durante un total de 613 días.

Afortunadamente, no se había producido ninguna transmisión documentada con la variante altamente mutada a casos secundarios en la comunidad.

Más detalladamente, los 613 días siguientes a la detección inicial del SARS-CoV-2 se caracterizaron por múltiples episodios sintomáticos relacionados y no relacionados con el virus, que requirieron ingresos hospitalarios.

La infección persistente por SARS-CoV-2 hizo que el paciente tuviera periodos de aislamiento prolongados durante el ingreso hospitalario y un mayor uso de materiales de protección personal, lo que redujo en gran medida su calidad de vida autodeclarada.

La secuenciación completa del genoma del SARS-CoV-2 se realizó en 27 muestras nasofaríngeas, recogidas entre febrero de 2022 y septiembre de 2023. 

Reveló más de 50 mutaciones nucleotídicas en comparación con las variantes contemporáneas BA.1 circulantes a nivel mundial con múltiples sustituciones de aminoácidos, incluidas las sustituciones del sitio de unión del receptor ACE-2 S:L452M/K y S:Y453F. 

Además, se desarrollaron varias deleciones en el dominio N-terminal de la espiga indicativas de escape inmunitario.

"Este caso subraya el riesgo de infecciones persistentes por SARS-CoV-2 en individuos inmunodeprimidos, ya que pueden surgir variantes virales únicas debido a la amplia evolución intrahospedador", dicen los autores.

Así, subrayan la importancia de continuar la vigilancia genómica de la evolución del SARS-CoV-2 en individuos inmunodeprimidos con infecciones persistentes, dada la amenaza potencial para la salud pública que supone la posible introducción de variantes virales de escape en la comunidad.

Aunque la vigilancia estrecha es necesaria, los autores recalcan que debe haber un equilibrio entre la protección de la población frente a posibles nuevas variantes y los cuidados de apoyo humanitarios en el domicilio de pacientes gravemente enfermos cerca del final de la vida.

Entre las posibles soluciones, se incluye una mayor concienciación sobre los riesgos potenciales, combinada con la realización de pruebas diagnósticas accesibles a los contactos conocidos (familiares) en cuanto desarrollen síntomas relevantes.

Esto debería combinarse con la vigilancia genómica para evaluar la amenaza para la salud pública, junto con los profesionales de este campo.

Los autores destacan que, aunque puede haber un mayor riesgo de desarrollo de nuevas variantes en pacientes inmunodeprimidos, no todas las nuevas variantes en estos pacientes se convertirán en una nueva variante preocupante (VOC) para la comunidad. 

Los mecanismos subyacentes que intervienen en el desarrollo de una VOC son mucho más complejos, ya que también dependen de factores de la población que rodea al paciente, incluida la prevalencia de la inmunidad relacionada con las células B y T.

"La duración de la infección por SARS-CoV-2 en este caso descrito es extrema, pero las infecciones prolongadas en pacientes inmunodeprimidos son mucho más frecuentes en comparación con la comunidad general. Otros trabajos de nuestro equipo incluyen la descripción de una cohorte de infecciones prolongadas en pacientes inmunodeprimidos de nuestro hospital con duraciones de la infección que varían entre 1 mes y 2 años. Sin embargo, desde el punto de vista del público en general, las infecciones prolongadas siguen siendo poco frecuentes, ya que la población inmunodeprimida solo representa un porcentaje muy pequeño de la población total", ha finalizado.