Vitelleschi en aprietos (1615 – 1645)
Vitelleschi mandó que al final del cuarto año de teología, todo jesuita se sometiese a un examen final. Si lo aprobaba, accedería a la profesión solemne de cuatro votos. Si reprobaba, no podía ser profeso.
Siendo General, la Compañía celebró el primer centenario de su aprobación (1540 – 1640). El 15 de noviembre de 1639 pedía a los superiores que tratasen a todos sus súbditos por igual, que moderasen su dedicación a los aspectos temporales y que todo jesuita practicase los Ejercicios Espirituales.
Vitelleschi vetó que los jesuitas se dedicasen de manera estable a la atención espiritual de congregaciones femeninas y aunque admiraba sus virtudes, no apoyó la idea de Mary Ward de fundar un instituto femenino de espiritualidad ignaciana. Tampoco aprobó en el Perú la creación de Congregaciones Mariana femeninas. En cambio, apoyó el ministerio de San Pedro Claver entre los esclavos negros, incluso desoyendo los informes negativos de sus superiores locales.
Desde los tiempos de San Ignacio en la Compañía el uso del bonete era fuente de conflictos. Los Hermanos Coadjutores de Italia, España, las misiones españolas y portuguesas lo usaban. La Congregación General VII (1615 – 1616) mandó que los hermanos que ya usaban bonete continuasen usándolo excepto en las Indias Orientales y Occidentales. Les quedaba prohibido a los nuevos hermanos. Esta norma ni siquiera podía ser suprimida por el Padre General. Pero los hermanos españoles apelaron al papa Paulo V. En 1618 Vitelleschi la dejó sin efecto.
Ya en tiempos de Vitelleschi se notaban tensiones entre los jesuitas nacidos en América y los españoles.
Con motivo de la publicación en 1626 del libro del jesuita Antonio Santarelli, que defendía el poder indirecto de los papas sobre los príncipes, los jesuitas franceses firmaron, bajo presión, proposiciones favorables a la primacía del Rey francés. Vitelleschi los reprendió y mandó que en adelante los jesuitas franceses no pudieran “escribir, firmar y publicar nada que tratase de esta materia” y mucho menos aprobar la censura de la Sorbona contra Santarelli.
A Vitelleschi le tocó sancionar a los jesuitas portugueses que participaron en la revuelta de 1640 contra España, que devolvió la independencia a Portugal. Dos jesuitas franceses fueron castigados por el Cardenal Richelieu por disentir de su política: el confesor de Luis XIII, luego rehabilitado, y el P. Monod, el cual, pese a los esfuerzos de Vitelleschi, murió en la cárcel.